Белгородский литературный музей был открыт 26 апреля 1999 года как филиал Белгородского государственного историко-краеведческого музея. В церемонии открытия музея принимали участие глава администрации Белгородской области Е.С. Савченко, архиепископ Белгородский и Старооскольский Иоанн, большая группа российских писателей среди которых были председатель правления Союза писателей России В.Н. Ганичев, а также М. Борисов, М. Алексеев, С. Гудзенко. Почетные гости стали первыми дарителями музея и сделали записи в книге отзывов.
В мае 2008 года почетными гостями музея стали российские писатели, участники Всероссийских литературно-патриотических чтений «Прохоровское поле». 1 сентября 2008 года во дворе здания музея был открыт памятник литератору-просветителю. Прообразом для создания памятника стал В.С. Жуковский, возглавивший Белгородскую писательскую организацию в первые годы ее работы. В тот же день музей посетили губернатор Белгородской области Е.С. Савченко и председатель правления Союза писателей России В.Н. Ганичев.
Белгородский государственный литературный музей – один из научно-исследовательских и научно-просветительных центров области, который собирает, сохраняет, изучает и популяризирует историю развития литературы в регионе, литературное творчество авторов, проживавших на территории нынешней Белгородской области, и уроженцев края с XVIII века до настоящего времени.
В 2012 г. Белгородский государственный литературный музей претерпел значительные изменения в своём статусе. В соответствии с распоряжением правительства Белгородской области от 04.06.2012 г. № 313-пп «О реорганизации Белгородского государственного историко-краеведческого музея» было выделено государственное бюджетное учреждение культуры «Белгородский государственный литературный музей». Как самостоятельное юридическое лицо Белгородский государственный литературный музей работает с 1 октября 2012 г.
В структуре музея выделены административный отдел, отдел экспозиционно – выставочной работы, отдел учета и хранения фондов, отдел музейно-образовательной работы и развития музея.